Можно создать в админке новый модуль и в его редакторе в режиме html вставить код, или в глобальных настройках выбрать html редактор и потом в модуле вставить код. Модуль разместить в нужной позиции. Есть специальный модуль для этого ModPHP - вставка кодов счетчика, тизеров и рекламы http://code.google.com/p/joostina-extensions/downloads/list Но вроде не совсем рабочий (сам не проверял)
p.s. можно код сразу в шаблон прописать, в нужное место